El presidente de FDEC es elegido cada dos años por la Asamblea General. Sus facultades son, entre otras, representar a la Federación y realizar en su nombre toda clase de actuaciones, sin más limitaciones que las establecidas en los Estatutos; convocar las sesiones de la Asamblea General, la Junta Directiva y el Comité Ejecutivo, presidirlas y dirigirlas; así como proponer a la Junta Directiva, para su aprobación, la constitución de comisiones especializadas de carácter temporal.
El jueves 5 de septiembre 2019, Antonio Luis González Núñez, ha sido elegido por aclamación, nuevo presidente, tomando el testigo del hasta ahora máximo responsable del comercio de la provincia, Ricardo Martín Rodríguez.